De stichting Transmuralis is een onafhankelijk samenwerkingsverband, dat werkt in opdracht van het bestuur. Het bestuur is belast met het besturen van de stichting.
Het bestuur bestaat op dit moment uit de volgende leden:
| Mw. A.P. Berkhout-Pos | Voorzitter | Voorzitter raad van bestuur ActiVite |
| Mw. drs. A.L.R. de Jongh MM MBA H | Secretaris | Voorzitter raad van bestuur Topaz |
| Dhr. E.A. Hoette | Penningmeester | Voorzitter raad van bestuur a.i. GGZ Rivierduinen |
| Dhr.Prof.dr. W.J.M. Spaan | Lid | Voorzitter raad van bestuur LUMC |
| Dhr. drs. W. Wiegersma | Lid | Voorzitter raad van bestuur Basalt |
| Mw. drs. Y.M. Wilders R.A. | Lid | Voorzitter raad van bestuur Alrijne Zorggroep |
| Mw. C.M.M. Ineke | Lid | Voorzitter raad van bestuur Libertas Leiden |
| Mw. A.T.M. Asberg | Lid | Voorzitter raad van bestuur Marente |
| Dhr. J.Y. Brehler | Lid | Algemeen bestuurder Zorggroep ROHWN |
| Dhr. A.M. van Houten MHA | Lid | Voorzitter raad van bestuur Zorg en Zekerheid |